V roce 861 požádal velkomoravský kníže Rostislav byzantského císaře Michala III. o vyslání křesťanské mise. Učinil tak poté, co nedostal odpověď z Říma, kam vznesl stejnou žádost. Byzantský císař knížeti Rostislavovi vyhověl a v roce 863 přišli na Moravu s početnou misijní družinou svatí bratři Konstantin a Metoděj. Přinesli s sebou slovanskou abecedu. Na Moravě pak přeložili Bibli, bohoslužebné knihy a spisy svatých otců. Jejich mise měla mezi Moravany nebývalý úspěch, nikoliv však mezi německým klérem, jež se obával sílícího vlivu řecké mise. Proto se také snažil všemi silami tuto misi bořit. Po smrti sv. Metoděje byli žáci sv. bratří vyhnáni z Velké Moravy.
V roce 1079 požádal Vratislav II. v Římě o všeobecné zavedení slovanského obřadu v Čechách – bez úspěchu. V této době již nastal odpad západního (římského) patriarchátu od čtyř východních, známý jako rozkol r. 1054. Slovanské bohoslužebné knihy byly páleny, latinský obřad byl zaváděn násilně.
Roku 1346 požádal Karel IV. papeže o povolení bohoslužeb v slovanském jazyce. Dostal povolení ke zřízení kláštera „Na Slovanech“. Tento byl založen v roce 1347 a patří k největším v tehdejší Evropě.
Husitské hnutí bylo snahou o reformu poměrů v římskokatolické církvi, snahou o navrácení bohoslužeb v slovanském jazyce a k přijímání Těla i Krve Kristovy nejen klérem, ale i laiky. Husité si uvědomovali, že počátky organizovaného náboženství u nás byly řecké – východní. Zahájili proto jednání s Cařihradem. Ten si vyžádal písemné vyznání jejich víry, které uznal „zdravým“ a dopisem z roku 1452 dal najevo, že je připraven k sesterskému spojení s husity. Bohužel o rok později byl Cařihrad dobyt Turky.
Po vyhlášení samostatnosti Československé republiky se objevily snahy části římskokatolického duchovenstva o reformu, hledající inspiraci v pravoslaví. V počátku 20. století spadala naše země pod jurisdikci srbské pravoslavné církve. Srbská pravoslavná církev nám poskytla mateřskou výpomoc a ochranu. Roku 1921 byl srbskou církví vysvěcen náš první pravoslavný biskup Matěj Pavlík (bývalý kněz římskokatolický), který symbolicky přijal jméno Gorazd II. (Gorazd I. byl nástupce sv. Metoděje). Gorazd II. dal církvi právní a kanonický základ, pravoslavný liturgický řád a v souladu s evangeliem a tradicí pravoslavné církve národní bohoslužebný jazyk.
Za druhé světové války, po objevení atentátníků na říšského protektora skrývaných v pravoslavném chrámu v Resslově ulici v Praze, byl 4. září 1942 biskup Gorazd se svými spolupracovníky popraven a Československá pravoslavná církev zakázána. Po válce byla činnost církve obnovena a roku 1951 jí ruská pravoslavná církev udělila autokefalitu, což znamená, že je samostatnou místní církví, která si může sama volit a světit biskupy.
Po rozdělení republiky v roce 1993, došlo ke změně názvu církve, avšak ne k právnímu rozdělení. V současné době má Pravoslavná církev v českých zemích a na Slovensku čtyři eparchie (biskupství). Dvě v České republice pražskou a olomoucko-brněnskou a dvě na Slovenku prešovskou a michalovskou.
